Kırklareli’nde bulunan Dupnisa Mağarası, Trakya’da turizme açık olan ilk ve tek mağaradır. Bu mağara Bulgaristan sınırına da oldukça yakındır. Dupnisa Mağarası, Mahya Dağı’nın kuzeybatısında bulunmaktadır.
Dupnisa kelimesi Bulgarcada ‘delik’ anlamını taşımaktadır. 1980’li yıllardaki haritalarda burası Dupnisa Suçıktı Mağarası olarak anılmaktadır. Kırklareli’nde bulunan dört mağaradan biri olan Dupnisa, uygulama projesi çizilen ilk mağaradır.
Dupisa Mağarası yapılan araştırmalara göre 180 milyon yıl önce oluşumunu tamamlamıştır. Bu tarih, 160 milyon yıl süren mezozoik döneme denk gelmektedir.
1978 yılında Boğaziçi Üniversitesi Mağara Araştırma Kulübü (BÜMAK) tarafından mağaraya ön araştırma amaçlı bir gezi yapışmıştır. 1979 ve 1980 yıllarında ise BÜMAK tarafından mağaranın ilk araştırılması tamamlanmıştır. Dupnisa Mağarasının keşfine ilişkin net bilgiler bulunmamaktadır. 1982 yılında BÜMAK araştırmasının sonucunda Erol Ömer Atalay imzalı Dupnisa Mağara Sistemi isimli rapor yayınlanmıştır.
1991 yılında ise Edirne Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu mağarayı birinci derece doğal sit alanı olarak tescil etmiştir. Kurul 2001 yılında ise koruma alanı kararını ikinci dereye düşürmüş ve sınırlarını belirlemiştir. 2002 yılına gelindiğinde ise çevre düzenlemesi yapılarak, mağaranın belirli kısımları ışıklandırılmıştır.
Dupnisa Mağarası kimi kaynaklara göre 2720 metre iken kimi kaynaklarda ise 3150 metre olarak gösterilmiştir. Mağaranın üç farklı giriş kapısı vardır. Turistik amaçlı yapılan ziyaretlerde iki kapı kullanılmaktadır. Bu üç kapının da farklı isimleri vardır.
Dupnisa Mağarası 2003 yılında turizme kazandırılmıştır. Bununla birlikte belirli bölümleri ışıklandırılmasına rağmen yarasaların yaşadığı bölümlerde ışıklandırma bulunmamaktadır. Dupnisa Mağarası iki katlı üç farklı mağara sisteminden meydana gelmiştir ve 70 metrelik bir yükselti içinde oluşmuştur. Üst kısımdaki kuru mağara damlataş açısından son derece zengindir. Mağarada özellikle dikit, sarkıt, duvar ve sütun damlataşları görsel bir şölen sunmaktadır. Alt katta yer alan mağaranın içinden ise yeraltı derecesi geçmektedir. Burada yer alan göller muhteşem bir görünüm yaratmıştır.
Dupnisa Mağarasının girişleri; sulu mağara, kuru mağara ve kız mağarası olarak isimlendirilmiştir. Kuru mağara üst katı ifade etmektedir ve ortalama sıcaklığı 17 derecedir. Alttaki mağarada ise sıcaklık 10-12 derecededir. Bu sebeple mağara geçişlerinde belirgin bir rüzgâr hissedilir. Kız mağarası yarasaların yaşam alanı olduğu için ziyaretçilere kapalıdır.
Dupnisa Mağarasını turistik olarak ziyaret edebilmenize karşın, insan girişine kapalı olan bölümleri vardır. Bu bölümler yarasaların yaşaması ve üremesi için kapatılmıştır. Mağara içinde 16 farklı yarasa türünün varlığı bilinmektedir. Bu sebeple Dupnisa Mağarasını yılın her ayı ziyaret etmeniz mümkün değildir. Yarasaların rahatsız edilmemeleri için her yıl Kasım ayının ortasında ziyarete tamamen kapatılan mağara, Mayıs ayının ortasında yeniden açılmaktadır.
Dupnisa Mağarasında 60 bin kadar yarasanın yaşadığı bilinmektedir.
Dupnisa Mağarası için çeşitli söylenceler vardır. Bu söylencelerin derlenmesi sonucunda ortaya bir efsane çıkarılmıştır. Efsane, mağaranın içerisinde bulunan ve iki tane el biçimindeki oluşum hakkındadır.
Dupnisa Mağarası efsanesine göre, bölgede yaşayan genç bir erkek, bir kıza aşık olur. Kız yine aynı bölgede yaşayan papazın kızı olan Nysa’dır. Papaz kızını bu gence vermez ve yanındakilerle birlikte, gencin peşine düşer. Genç adam ise Dupnisa Mağarası’na saklanır. Bir süre sonra ise mağarada ölerek, taşlaşmaya başlar.
Nysa da gencin öldüğünün öğrendiğinde Dupnisa’ya girer ve o da burada kısa bir süre sonra ölerek taşa dönüşür. Bu iki gencin cansız bedenlerinin kavuşamayan iki el biçimini aldığı söylenmektedir.